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千葉生まれ. 趣味:高分子のX線結晶構造解析. 讃岐うどんが好き. 興味:Macromolecular crystallography/C++/Python/R/Linux/Emacs/vi etc.
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PyMOL v1.4はMTZからマップが開けるようになるらしい.これは嬉しい!センタリングにあわせて随時描いてくれるなら最高.PyMOL v1.4はvolume visualizationとか色々期待大です.
XFELによる大量の微結晶を使った構造解析のためのデータ処理プログラムCrystFEL http://t.co/OB7sIXdv が公開されたらしい.指数付けから積分,スケーリング,マージ等々のプログラムを含む.ライセンスはGPL.
これは面白い.PyMOLで作る3D埋め込みPDF.AdobeReaderで表示すると分子を動かせる.TeXで作るってのもGood.例:http://t.co/gfw0CGbL やり方:http://t.co/S4Dhv4Xx
@timasaki XDSの処理を自動化するスクリプト集です.http://code.google.com/p/xdsme/ XDS.INPを自分で作らなくて良いので楽です.GUIもあるみたい(XDSi?)ですが,いつかトライしてみようと思いつつ,まだ試してないです.
@yam_cpp in reply to timasaki
後輩が発見した,504℃で結晶化した(と記載されている)PDBエントリ.777Kという数字に,遊び心を感じる.. http://www.rcsb.org/pdb/explore/materialsAndMethods.do?structureId=2I89
XDSの新たなGUIが発表になってた.XDSAPP: a graphical user interface for.. http://t.co/QfpUUKTJ ダウンロードはこちらからhttp://t.co/IBXwa4fx 後で試してみる…かも
今さら知ったviコマンド.``で検索を実行する前にいた場所に戻れる.
野郎ラーメンというお店では,豚野郎というメニューを頼むと「豚野郎のお客様」と呼んでくれるサービスをやっている(「をご注文」を入れ忘れたが好評なのでこのセリフに変更)…というラジオの話で朝から笑ってしまった.
動力学的効果がある場合には空間群の対称要素による消滅則は適用されないことがあるらしい.ふだん運動学的回折理論の中でしか生活してないので動力学の方は全然分からん…
今まで見たXDSの資料の中では一番詳しいかも. http://t.co/FFiiTQhI (PDF)
Cootでdisulfide bondの精密化どうやるの?とこの前聞かれて答えられなかったが,Sphere refinementを使えば出来ることが論文にも書いてあった.そういえばこの機能使ったこと無かったな. http://t.co/FrQwRcfo
@kun32xu ここでFourier truncation rippleとして紹介されているような具合でしょうか? http://t.co/ZkVcuSuX 損傷で電子が減ったりしてるんですかね
@yam_cpp in reply to kun32xu
めも.Diffraction geometryからautoindex, profile fittingまで簡単に― Some Issues in Data Collection http://t.co/jTDWcFum
学生実験でCootのスクリーンショットを保存するときに,背景白にしたりマップを黒にしたりしてもらうのが面倒なので,自動でやるスクリプトを作った.Extensionsメニューにインストールされる.ファイル名も自動決定.http://t.co/blmYnS4z
異常散乱現象の詳しめなスライド http://t.co/2J4xZJLz 位相が90°遅れる理由が,なんとなく分かったような.
TLを見て…我々の業界ではリア充はReal spaceで充実しているの略だということを知った.レシ充とデュア充もあるらしい
@kun32xu Tutorialでやった内容はここで殆ど見ることができました. http://t.co/nmuXjS8 僕もぜひCCTBXを本格的に取り入れたいと思います.
@yam_cpp in reply to kun32xu
めも:SAD Phasing at Longer Wavelengths
http://x10sa.web.psi.ch/meetings/sascha_sadphasing.pdf けっこう知らないことが多かったので.
めも.ccp4bbより.タンパク質の立体構造比較プログラムESCET.PyMOLで結果の確認もできるっぽい.http://schneider.group.ifom-ieo-campus.it/escet/index.html
XDSでデフォルトだと回転軸付近の反射を拾わないようになっているが,これを拾っても意外にちゃんと処理できるとのことなので,積分時は範囲を広げておいた方が良いらしい.というわけでMINIMUM_ZETAを小さくしてやってみる.結晶がP1なので貪欲に.